회사 세금이 이상합니다.

얼마전 월급을 받았습니다.
정규직 4대 보험 다 되죠,..ㅋㅋㅋ

외근과 출장시 제 카드 사용후 회사 경비 청구하여 다음달 받습니다.
참고로 회사 이직한지 몇개월 안됨

이번에 경비가 90만원돈 된거 받았습니다.
이회사는 경비는 무조건 차량 유지과세로 제합니다.(차량 유지비 30 나옴-운행일지 안써도..)
저같은 경우는 외근이 있어서 30더 나와서 주유비, 톨비, 주차비만..숙박은 회사 카드로

이회사는 월급+경비해서 합계로 입금됩니다.
월급내역서도 있는데
소득세 등등 얼마 뗀다고 나옵니다.

저번달 출장등으로 100조금 모라잔 90만원돈
같이 나오더라구요

근데..
소득세가...10만원돈인데 30만원돈으로
주민세도 더 나오고
고용보험도 더 나오고
국민연금, 건강보험은 매번 떼는 그대로
공제금액이 30정도 더 나오네요

자 질문...할게 있습니다

질문1
경비 쓴걸 월급과 같이 줘서 소득, 주민, 고용보험을 제하는지요?
이거 잘못 된거 아닌지요?

질문2
세금을 더 내면 연말정산에 더 유리한지 불리한지?

질문3
세금을 더 내면 퇴직할때 퇴직금이 더 나오나여?

영업쪽 직원들 이야기 들어 보니 경비 지 맘ㄷ로 나온다네요
40써도 30 줬다가
몇달 모아서 차액금 다 줄때도 있고
매달 쓴마큼은 잘 안나온다네요..쩝

이거 어떤 자료 근거로 관리과 이야기 해야하는지 고수님들 조언 부탁드립니다.